黑旗軍乃劉永福所建。永福，廣東欽州人，初屬廣西天地會。同治四年（西元一八六五），清廷釐清廣西會黨，永福乃率眾入安南（越南），自稱黑旗黨首領，都眾為「中和團黑旗軍」，世稱黑旗軍，約有二千人，據守保勝七百餘平方公里之地。適逢法入侵安南，安南王阮福映召請永福助戰。十三年（一八七四）永福統軍至河內，大敗法軍，斬首數百，殺其將領，恢復河內。法國復派兵艦進攻河內，懸賞萬金購永福，十萬金取保勝。清廷為保安南藩屬，調派粵、滇軍入安南。光緒九年（一八八三），法國增派兵艦及海陸軍數千人至安南，大舉進攻。永福率軍對敵人以槍械彈藥拙劣，寡不敵界，退守興化。後中法媾和，永福領軍歸清。

二十年（一八九四），中日甲午戰起，時永福任廣東南澳鎮總兵，清廷重用之，令其率二營兵至臺北，另增募六營，仍稱黑旗軍，移師臺南。次年，臺灣割給日本，北部先淪陷，中南部官紳擁永福，調派兵勇拒敵，臺灣局面大有轉機，旋以餉械不繼而敗，永福乘輪內渡。


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